Beberapa ancaman dan gangguan terhadap pertahanan negara Indonesia di masa yang akan datang antara lain:
- Konflik teritorial dan klaim wilayah yang dapat mengganggu kedaulatan negara.
- Ancaman terorisme dan ekstremisme yang dapat mengancam keamanan nasional.
- Perdagangan narkoba, yang dapat merusak kesehatan masyarakat serta mengganggu stabilitas sosial dan ekonomi.
- Perubahan iklim yang dapat mengancam keberlangsungan hidup dan kesejahteraan masyarakat.
- Kebijakan proteksionisme dan perdagangan yang tidak adil dari negara-negara lain yang dapat merugikan ekonomi nasional.
- Kesenjangan sosial yang dapat memicu konflik antarsuku dan antarkelompok.
- Cybercrime dan serangan siber yang dapat merusak infrastruktur teknologi informasi dan mengancam keamanan siber nasional.
- Kebijakan proteksionisme dan perdagangan yang tidak adil dari negara-negara lain yang dapat merugikan ekonomi nasional.
- Bencana alam yang dapat mengancam keselamatan dan keamanan masyarakat serta merusak infrastruktur.
- Perkembangan teknologi militer yang dapat mengancam keamanan dan stabilitas regional.